O Departamento de Fonoaudiologia teve sua origem no Instituto de Ciências da Saúde, Unidade de caráter departamental com corpo docente de formação heterogênea e vocação multidisciplinar. Em resposta à demanda da sociedade, o Instituto de Ciências da Saúde passou a oferecer a partir de 1999 o Curso de Graduação em Fonoaudiologia. A criação do Departamento de Fonoaudiologia foi homologada em 2001, sendo a Profª Darcy Pires de Matos Ribeiro empossada como Chefe de Departamento em 04 de junho de 2001. Neste mesmo ano, a UFBA contratou os cinco primeiros docentes Fonoaudiólogos ocupantes de cargos da carreira do Magistério Superior em regime de trabalho de Dedicação Exclusiva. Posteriormente, em 2009, com o Projeto REUNI, o Curso de Fonoaudiologia teve o número de vagas ampliado, o que acarretou também na contratação de novos professores efetivos alocados no Departamento de Fonoaudiologia para atender a esta demanda.